Ytdyklly

У них есть энтузиазм и искренняя преданность своему делу, чего в целом так недостаёт всей системе.

Can someone explain how is "чего" used here after the comma? what is its function?

Чего here refers to the subject and the predicate of the 1st clause as a single unit (есть энтузиазм и искренняя преданность) and is a Genitive inflection form of the pronoun что because the verb недостаёт governs Genitive case (кого?/чего?). Essentially it turns the main clause into the object of the verb недостаёт in the subordinate clause.

Compare the English

They exhibit enthusiasm about and genuine commitment to their work, which (is what)
the entire system has so little of / in which the entire system is so deficient.

To make subordinate clause only refer to the subject of the main clause the sentence can be rephrased to read

У них есть энтузиазм и искренняя преданность своему делу, которых
в целом так недостаёт всей системе.

And the actual complex sentence can also be turned into a compound sentence

У них есть энтузиазм и искренняя преданность своему делу, и этого
в целом так недостаёт всей системе.

They exhibit enthusiasm about and genuine commitment to their work, and this is what the entire system lacks so badly

У них есть энтузиазм и искренняя преданность своему делу, чего в целом так недостаёт всей системе.

Это стандартное сложноподчиненное предложение с придаточным распространительно-присоединительным (или просто присоединительным).

Такие придаточные присоединяются союзным словом ЧТО в разных формах (или наречиями почему, отчего, зачем).

Союзное слово ЧТО (здесь в форме родительного падежа) частично или полностью вмещает в себя содержание главной части: У них есть энтузиазм и искренняя преданность своему делу, чего (этих качеств, то есть энтузиазма и преданности) так недостаёт всей системе.

Другие примеры:

Гусь потянул за верёвку, отчего раздался выстрел.

Я скоро буду в Петербурге, о чём уже писал.

Дождь начинался и тут же переставал, что часто бывает осенью.

ДОПОЛНЕНИЕ

Еще один интересный вопрос: являются ли синонимичными следующие предложения?

(1) У них есть энтузиазм и преданность, чего недостает системе.
(2) У них есть энтузиазм и преданность, которых недостает системе.

На первый взгляд они похожи, но это не совсем так. Первое предложение — это распространение и присоединение, а второе предложение — это распространение и определение.

В первом случае зависимые отношения выражены в меньшей степени, они ближе к однородным сопоставительным, а здесь речь идет именно о сопоставлении (они и система). Определительные отношения во втором предложении выражают сопоставление менее чётко.